En pocas generaciones pasaron de poseer un pequeño condado en lo que hoy es Suiza a ostentar el título de Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico. Los Reyes Católicos, pertenecientes a la dinastía Trastámara, casaron a dos de sus hijos con los del Emperador Maximiliano I, posibilitando su desembarco en el trono de España
En la actualidad, los Habsburgo están emparentados con la mayor parte de las casas reales europeas, pero no ejercen en ningún país como dinastía reinante. El génesis de su poder, que les situó como la dinastía titular de una veintena de reinos, se encuentra en el antiguo ducado de Suabia, una región germanófona de lo que hoy es Suiza. En el siglo X, un noble alemán llamado Radbot, perteneciente a una familia de la nobleza germánica desde tiempos de los Carolingios en el siglo VIII, obtuvo un feudo en esta zona y construyó un pequeño castillo conocido como el «Castillo del Azor» (Halcón), que en alemán era llamado «Habichtsburg», puesto que albergaba un importante foco de cetrería. El nombre de los Habsburgo, los halcones, deriva de este castillo.
Los Condes de Habsburgo dependían originalmente del Duque de Suabia, que a su vez rendía tributo al Sacro Imperio Romano Germánico. El carácter electo de los emperadores, una dignidad que hasta la llegada de los Habsburgo no se estableció como hereditaria, hizo que se sucedieran durante toda la Edad Media distintas dinastías en la lucha por el trono imperial: la de Sajonia, la de Suabia y posteriormente los Hohenstaufen. Mientras tanto, los Habsburgo prefirieron ocupar un segundo plano en pos de engrandecer su patrimonio a través de una inteligente política de alianzas matrimoniales, sin necesidad de inmiscuirse en las luchas imperiales. Así, a finales del siglo XII, los Condes de Habsburgo gobernaban toda la parte de Suiza de lengua alemana y a mediados del siglo XIII poseían también algunas regiones de Austria.
Hacia 1273, fueron los propios nobles germanos quienes entregaron la corona imperial a los Habsburgo. Tras el conflicto desencadenado con la muerte de Federico II Hohenstaufen, la nobleza resolvió la disputa eligiendo a un Emperador débil y sin mucho poder que pudiera ser manipulado a su antojo. El Conde de Habsburgo, Rodolfo I, también perteneciente a los Hohenstaufen, solo pudo ser nombrado «Rey de los Romanos», dado que nunca llegó a ser coronado por el Papa, pero pronto demostró que no era un hombre fácil de manipular. De hecho, Rodolfo I inició una amplia renovación de las estructuras imperiales y para ello usó como base su patrimonio condal que vivió un importante crecimiento en aquellos años. Cuando el Rey Otokar de Bohemia (hoy República Checa) se opuso a su elección, que también formaba parte del Imperio con su población combinada de germanos y eslavos, Rodolfo le despojó de algunos de sus dominios (Austria y parte de Hungría) para añadirlos a su patrimonio familiar. Si bien no logró que el título imperial fuera hereditario, el Conde de Habsburgo situó a su familia bien posicionada para optar a la corona en el futuro.
No fue hasta el siglo XV cuando los Habsburgo regresaron al trono imperial a través de la figura de Federico III de Habsburgo. Y lo hicieron para no moverse de allí hasta el siglo XX. Su hijo, Maximiliano I de Habsburgo, recogió en 1508 la dignidad imperial convirtiéndolo en un título hereditario en la práctica. Asimismo, los Reyes Católicos de España –pertenecientes a la dinastía Trastámara y primos entre sí– casaron a dos de sus hijos, Juan y Juana, con dos vástagos del archiduque Maximiliano de Habsburgo persiguiendo el objetivo de alejar la amenaza francesa que se cernía sobre las posesiones aragonesas en Italia. No en vano, la prematura muerte del infante Juan de Trastámara, el único hijo varón de los Reyes Católicos, terminó precipitando el desplazamiento de la casa reinante en España por los Habsburgo.
La endogamia consume a los Habsburgo españoles
La muerte de Isabel «la Católica» en 1504 y la antipatía de una parte de la nobleza castellana hacia Fernando «el Católico» alzó en el trono del reino español al hijo de Maximiliano I de Habsburgo, Felipe «el Hermoso», casado con Juana «La Loca», que en el momento de la alianza era la tercera en la línea de sucesión al trono pero que se benefició de la muerte de sus hermanos mayores. El hijo mayor del matrimonio, Carlos I, heredó la corona de Castilla y de Aragón a consecuencia de la prematura muerte de su padre, el fallecimiento sin herederos varones de Fernando «El Católico» y la incapacidad para reinar de su madre. Felipe II, Felipe III y Felipe IV siguieron con normalidad la rama española, pero sin renunciar a la abusiva práctica de los Habsburgo, también heredada de los Trastámara y la Casa de Borgoña, de casarse entre parientes. Con una cifra de 0,254 en su coeficiente de consanguinidad, Carlos II «El Hechizado» fue el grotesco resultado de varias generaciones de escarceos con la endogamia. Portador de numerosos genes recesivos y alteraciones genéticas, entre ellas el síndrome de Klinefelter, el Rey no pudo dar un heredero al reino y se mostró incapaz de gobernar.«Su cuerpo es tan débil como su mente. De vez en cuando da señales de inteligencia, de memoria y de cierta vivacidad, pero no ahora; por lo común tiene un aspecto lento e indiferente, torpe e indolente, pareciendo estupefacto. Se puede hacer con él lo que se desee, pues carece de voluntad propia», con estas palabras describía el embajador del Papa en Madrid a Carlos II «el Hechizado» a los 20 años, una muestra de lo fácil que podía resultar para sus más cercanos manipular al Monarca. Su muerte sin dejar heredero y su decisión de entregar la corona al futuro Felipe V, el primer Borbón, marcaron el final de la dinastía de los Habsburgo como Reyes de España.
En 1740, la rama austriaca de la familia vivió un problema de consanguinidad parecido a la muerte del Emperador Carlos VI, el mismo que fue pretendiente de la Corona española en oposición a Felipe V durante la Guerra de Sucesión Austriaca. Sin dejar un heredero varón vivo, la muerte del Emperador precipitó un conflicto internacional que colocó en el trono a la heredera del último Habsburgo austríaco, María Teresa, y a Francisco Esteban, Duque de Lorena, ambos bisnietos del Emperador Habsburgo Fernando III. Los descendientes de éste continuaron la tradición de los Habsburgo de Viena bajo el nombre dinástico Habsburgo-Lorena.