Colaborador del gobierno de los girondinos de Brissot, opositor de los jacobinos durante el «Reino del Terror» y clave en el ascenso al poder de Napoleón, el sevillano participó de lleno en la revolución. Sus enemigos, entre los que se incluían los conservadores españoles, se burlaban con sonetos de su descuidado aseo personal y sus extravagancias
Brissot le encomendó a Marchena la traducción del manifiesto de la Convención francesa
Enemigo íntimo de Robespierre
El abate Marchena fue estudiado durante mucho tiempo como un destacado traductor de los autores ilustrados y revolucionarios, pero sin entrar en su faceta política, salvo cuando algunos escritores de ficción, como Benito Pérez Galdós y Pío Baroja, recurrieron al personaje amparándose en sus extravagancias. No fue hasta el siglo XX cuando su figura como influyente político, tanto en España como en Francia, fue tomada en serio. A la caída de los girondinos el 31 de mayo de 1793, Marchena se había convertido en un político lo bastante conocido como para reclamar la atención de Maximilien Robespierre, el jefe de la facción más radical de los jacobinos y miembro del Comité de Salvación Pública, entidad que gobernó Francia durante el periodo revolucionario conocido como el Terror. Fue recluido en la prisión de la Conciergerie en París, donde se dice que se entregó a la lectura de «La Guía de pecadores» de fray Luis de Granada, quizás el irónico origen de su apodo de abate.Según otra leyenda muy conocida, el abate Marchena se enfrentó directamente con Robespierre en una carta desde la Conciergerie, en la que decía «tirano, me has olvidado», y le reclamaba que usara con él también la guillotina. Lejos de ofenderse, el desafío habría fascinado a Robespierre hasta el extremo de querer tener a Marchena entre sus hombres de confianza. Y si bien es complicado demostrar el grado de esta íntima rivalidad con «el Incorruptible», existen claras referencias biográficas al odio que profesaba hacia otro ilustre villano, Antoine Quentin Fouquier, político francés que sirvió como fiscal en el Tribunal revolucionario, al que increpó: «Me está usted olvidando. Estoy aquí para que me guillotinen».
Pese a sus esfuezos en la otra dirección, Marchena se salvó de la guillotina y fue liberado con la caída de los jacobinos. El nuevo régimen de los termidorianos, los republicanos conservadores, concedió al sevillano un empleo burocrático como compensación por las penalidades sufridas durante el Reinado del Terror, que, sin embargo, no tardó en perder por criticar públicamente el proyecto de nueva Constitución 1795. Como más tarde ocurriría también en España, las críticas de Marchena le provocaron un buen saco de enemigos, que usaron el aspecto físico del sevillano, «un cuerpo débil y enclenque» y su falta de aseo personal, «un exterior sucio y repulsivo», como motivo de burla. Tras abandonar la agitación política para entregarse a la reflexión teórica, la filosofía, las matemáticas y el estudio de la economía, el progresivo viraje de Marchena hacia posiciones más conservadoras quedó retratado con su destierro a Suiza por coquetear con grupos golpistas.
Con el golpe que llevó al poder a Napoleón Bonaparte en noviembre de 1799, el político español, que jugó también un papel clave en el ascenso del futuro Emperador de Francio, obtuvo como recompensa un empleo civil adscrito al ejército del Rin, lo cual le obligó a pasar varios meses en tierras alemanas y en Suiza a las órdenes del general Moreau integrado en su estado mayor como inspector de contribuciones. Conocedor del hebreo, el inglés, el francés, el alemán, el griego y el latín, el sevillano se permitió una divertida broma literaria en Basilea cuando fingió haber hallado un fragmento perdido del «Satiricón de Petronio» en un antiguo monasterio. El texto escrito realmente por el español constituía un detallado tratado de erotismo en los que desarrollaba sus vastos conocimientos teóricos y prácticos sobre el tema, pues Marchena, según uno de sus contemporáneos, conocía misterios del amor «ignorados por los antiguos». La perfección de su latín mantuvo vivo el engaño de que era un texto auténtico durante un largo tiempo.
Haciendo la revolución en España
Sin haber conseguido sacar rédito económico a su posición política y con su patrimonio embargado en España por su implicación en la Revolución francesa, Marchena decidió acompañar al ejército de invasión enviado por Napoleón a buscar la suerte esquiva en su país natal. Tras las abdicaciones de Bayona pasó a ser un alto funcionario de la Monarquía de José I Bonaparte, concretamente en el Ministerio del Interior, y fue director de varios periódicos defensores del nuevo régimen. Como no podía ser de otra manera, terminada la Guerra de Independencia el afrancesado tuvo que abandonar una vez más España.El sevillano regresó a España solo después del triunfo del pronunciamiento de Rafael Riego y el establcimiento de la Monarquía Constitucional. Aunque fue entonces cuando empezó a ser conocido como abate Marchena, el Trienio Liberal devolvió al sevillano a sus posiciones más exaltadas y le impulsó a adoptar el deísmo en sustitución del ateísmo. Su regreso al radicalismo le valió los insultos de los conservadores, quienes le calificaron de «anarquista» por su visión extrema del liberalismo, pese a que él conocía de primera mano lo que ocurre cuando el pueblo toma el poder sin cortapisas. El 31 de enero de 1821, el hombre que había visto caer una y otra vez, ya fuera desde dentro o desde fuera, la mayoría de causas en las que había creído murió en la casa madrileña de su amigo Juan MacCrohon, ahorrándose el oprobio de ver derribado dos años después al régimen liberal con el mayor de los estruendos.