Una vez sobre el sacro solio, san Pío V dio inmediatas muestras de su voluntad de poner en práctica el nuevo espíritu de auténtica reforma de la Iglesia, in capite et in membris. Por de pronto, las sumas de dinero destinadas a los festejos de su elección las hizo distribuir entre los pobres y despidió al bufón de corte de su predecesor (resabio del aseglaramiento que llegó a invadir el entorno del Papado de Roma, en el que habían triunfado ciertos usos del Bajo Imperio). Formó asimismo una comisión presidida por los cardenales Borromeo, Sirleto, Alciati y Savelli para acabar con la relajación del clero secular romano e imponer la nueva disciplina tridentina. En lo personal, no cambió sus morigeradas costumbres: siguió durmiendo sobre un jergón de paja y conservó sus hábitos dominicos bajo los ropajes pontificales (esta decisión personal, dicho sea de paso y como dato curioso, influenció en lo sucesivo el atuendo de los Papas, cuya sotana conservó desde entonces el color blanco de los frailes predicadores, que reemplazó al rojo, el propio de los Romanos Pontífices). El programa del nuevo reinado había quedado plasmado en la alocución del 12 de enero al Sacro Colegio: aplicar a la letra el Concilio de Trento (que había sido clausurado el 4 de diciembre de 1563), combatir la herejía, mantener la concordia entre los príncipes cristianos y organizar la resistencia contra la amenaza turca.